A l’occasion de la recrudescence de l’épidémie de Covid-19, nous vous proposons de faire le point sur les différents variants pour mieux comprendre vos résultats d’analyse.

 

illustration : Microbe vecteur créé par Harryarts – fr.freepik.com

 

Que veut dire variant ?

Le Coronavirus Covid-19, comme tous les virus, se multiplie dans l’organisme hôte qu’il infecte. Cette multiplication s’accompagne de quelques « modifications » du génome, encore appelées mutations. La plupart des mutations sont silencieuses, c’est-à-dire qu’elles n’ont aucune conséquence. Parfois, une mutation entraîne l’émergence d’une nouvelle souche du virus, légèrement différente, que l’on appelle un variant.

 

Il y a déjà eu plusieurs variants de la Covid-19, dont notamment le variant comportant la mutation D614G dans le gène Spike, mieux adapté à l’homme, et plus facilement transmissible dès février 2020 par rapport aux souches initiales de Wuhan.

 

Les variants de la Covid-19 dit « préoccupants » (« variants of concern » ou VOC, en anglais) font l’objet d’une surveillance spécifique par les laboratoires français

 

Un premier variant d’intérêt dénommé « B.1.1.7 » apparu au Royaume-Uni en septembre 2020 mais dont la description a augmenté en fréquence jusqu’à atteindre aujourd’hui une proportion majoritaire des souches. Il n’est plus considéré comme variant préoccupant.

 

Un autre variant, appelé « B.1.351 » est apparu parallèlement en Afrique du Sud, où il est désormais majoritaire.

 

Le 9 janvier 2021, le Japon a notifié à l’OMS un nouveau variant de la Covid-19 intitulé B.1.1.248 lignée P1, qui a été détecté chez quatre voyageurs arrivés de l’État brésilien de l’Amazonas. 

 

Un nouveau « double variant mutant » de la Covid-19 avec des mutations E484Q et L452R a été détecté fin mars 2021 en Inde dans des échantillons provenant de l’État du Maharashtra (B1.617.1).

 

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant portant de nombreuses mutations de la protéine S a été identifié en Afrique Australe (B.1.1.529). L’OMS lui a attribué ce jour le nom Omicron

Comment sont nommés tous ces variants ?

Par facilité, on les a appelés par le nom du pays où ils avaient été identifiés la première fois (variant anglais, brésilien etc.)

 

Cette dénomination est abandonnée par l’OMS et les variants portent désormais des lettres grecques :

 

• le variant « anglais » (B.1.1.7) est nommé Alpha
• le variant « sud-africain » (B.1.351) est nommé Beta
• le variant « brésilien » (B.1.1.248 lignée P1) est nommé Gamma
• le variant « indien » n°1 (B.1.617.2) est nommé Delta 
• le variant « indien » n°2 (B.1.617.1) est nommé Kappa
• le variant « sud-africain » (B.1.1.529) est nommé Omicron

Quelle est la caractéristique des variants de la Covid-19 ?

Les variants préoccupants de la Covid-19 sont souvent plus contagieux que la souche initiale. Les mutations touchent principalement la protéine responsable de l’accrochage du virus aux voies respiratoires (protéine S, comme Spike ou Spicule). 

 

Il existe aussi un risque d’échappement immunitaire, ce qui signifie que les anticorps produits après une infection ou une vaccination sont moins protecteurs contre ces souches de variants préoccupants.

 

Quelle conséquence pour l’épidémie de la covid-19 ?

En raison de sa contagiosité accrue, les variants de la Covid-19 peuvent être responsables d’une augmentation rapide du nombre de nouveaux cas.

 

C’est pourquoi la durée de l’isolement a pu être allongée à 10 jours en février 2021 pour toutes les personnes contaminées (variants ou pas). Depuis les recommandations sanitaires sont revenues à un isolement de 7 jours ou 5 jours en cas d’absence de symptômes et test de contrôle négatif.

 

La maladie occasionnée par les variants de la Covid-19 est-elle plus grave ?

Les signes cliniques observés sont exactement les mêmes (fièvre, toux, perte du gout et de l’odorat, difficultés respiratoires, etc…).

 

Cependant, en raison d’une transmissibilité accrue, le nombre de cas hospitalisés et de décès peut augmenter car plus de personnes sont touchées.

 

Quand suspecter un covid variant  ?

Un test PCR positif fait l’objet d’un test complémentaire au laboratoire appelé « criblage » permettant de savoir si le patient est porteur d’un virus hébergeant des mutations d’intérêt épidémiologique. Ce criblage est effectué avec la même technique PCR d’amplification mais avec des sondes qui ciblent spécifiquement les mutations concernées.

 

Le résultat du criblage est publié sur le même compte-rendu de résultat que le résultat du test PCR initial.

 

Dans certains cas, en particulier lors de suspicion de contamination plus rapide au sein d’un groupe ou d’un territoire, l’Agence Régionale de Santé peut demander au laboratoire SYNLAB Bioliance de transmettre les échantillons au CHU de Nantes pour leur séquençage génétique, à la recherche de nouvelles mutations.

Quelles sont les mutations d’intérêt recherchées chez Synlab Bioliance ?

La mutation E484K (associée aux variants Beta et Gamma) en lien possible avec un échappement immunitaire.

La mutation E484Q (associée au variant Kappa) également en lien possible avec un échappement immunitaire.

La mutation L452R (associée aux variants Delta, Kappa) qui paraît être en lien avec une augmentation de la transmissibilité et d’un échappement immunitaire.

Comment savoir quel variant j’ai si mon test PCR est positif ?

Depuis l’arrêté ministériel du 5 janvier 2022, la caractérisation d’un variant par criblage sur test PCR positif n’est plus systématique. Les autorités sanitaires réclament que 50% des tests PCR positifs fassent ensuite l’objet d’un criblage.

 

Chez SYNLAB Bioliance, le criblage est actuellement réalisé par échantillonnage sur 70% des tests positifs suivant des critères biomédicaux et épidémiologiques. Dans les semaines qui viennent avec l’équipement d’une nouvelle sonde c’est 100% des tests positifs qui donneront lieu à un criblage

En conclusion

Les tests effectués chez Synlab Bioliance permettent de détecter tous les variants dits « d’intérêt ».

 

En l’état actuel des connaissances, les symptômes et les effets de la Covid sont les mêmes, quel que soit le variant. Cependant les variants sont plus contagieux une plus grande transmissibilité de la Covid-19. Il est donc d’autant plus important de respecter les mesures sanitaires (tests, isolement etc.) pour arrêter rapidement les rebonds de l’épidémie.

 

Pour en savoir plus, vous pouvez consulter les graphiques et cartes de Santé publique France sur la circulation des variants en Franc.

 

Sources : interview du Dr Besson, responsable du plateau virologie chez SYNLAB Bioliance, blog de Cerballiance.fr